O filme começa com um homem falando com sua filha de 5 anos, Molly. Ele está lendo um livro, e contando a sua filha o que ele faz em seu trabalho, explicando que ele tem a tarefa de descobrir Unowns. Ele então mostra a ela no livro uma foto com vários Unowns. Molly olhando para o livro vê um Entei, e diz que ele é o seu Pokémon favorito, dizendo também que ele a lembra do seu pai. Então o pai da Molly finge ser Entei e deixa ela subir em suas costas. Depois disso o telefone toca, o pai de Molly atende e descobre que ele terá que voltar a trabalhar. Molly, frustrada, vai dormir, seu pai a ajeita na cama e deixa a mansão que eles vivem.


O pai de Molly agora está numa pequena caverna no deserto, com vários hieróglifos de Unowns, e com o seu laptop ele começa a tirar fotos de cada Unown que descreve uma letra. Ele então vê uma peça no chão coberto de um Unown, ele o pega e repentinamente, um Unown aparece ao lado dele, e então ele desaparece sem nenhum vestígio. Ele então encontra uma caixa cheia de peças, ele então a abre e pega alguns deles. Os Unows então começam a ter vida, e eles o levam para algo como outra dimensão. Seu assistente repara que o pai de Molly desapareceu logo ao lado de seu laptop caído no chão, e apenas uma caixa com as peças Unowns restou.


Molly corre descendo as escadas na esperança de encontrar seu pai, mas ela se frustra ao ver apenas o assistente de seu pai. Ela então escuta o que aconteceu, e começa a chorar. Então ela sobe as escadas, pegando  o laptop de seu pai ao seu quarto junto com as peças Unowns. No seu quarto com os blocos, ela começa a olhar as figuras dos Unowns, ela então abre a caixa e começa a ajeitar as peças, que logo formam "MAMA , PAPA , ME" (só lembrando que no Japão o nome do Molly é Mii, e que ME é "eu" em inglês). Uma lagrima então cai nas peças enquanto ela deseja seu pai de volta. Subitamente as peças começam a levantar, e um cristal começa a crescer aonde Molly estava sentada. Um dos empregados escuta algo e tenta abrir a porta, mas ela está sendo bloqueada pelos cristais. Eles então fogem da casa exceto por Molly que está trancada. Então do cristal começa a se formar uma figura, que acaba sendo do Entei. Ela fica um pouco confusa no começo, mas quando ela escuta sua fala, ela pergunta quem é ele. Entei então diz que ele é apenas quem ela desejou, seu pai. Ela então percebe que seu pai voltou, mas com a forma de Entei. Enquanto isso toda a mansão começa a se tornar cristal.


Enquanto isso, Ash e seus amigos estão indo para o próximo ginásio, e no caminho eles acabam esbarrando numa treinadora, que tem um Aipom. Brock vai até ela e começa a elogia-la. Ash e a garota (Rin) decidem batalhar. Ash começa com o seu Totodile, enquanto Rin escolhe um Granbull, que é lançado usando bomba d'água na árvore. Rin então manda sua Girafarig, enquanto Ash manda sua Chikorita. Chikorita usa o chicote de vinha, e a Girafarig usa um golpe psíquico fazendo a Chicorita ser derrotada. Ash manda então o seu Noctowl, e Rin  o seu Aipom. Noctowl em seus mergulhos acaba derrotando Aipom. Então a luta fica entre Bulbassaur contra Butterfree. A Butterfree  usa seu pó do sono que faz Bulbassaur ser derrotado. Ash então manda seu Cyndaquil, e Rin chama Mankey, que Cyndaquikil o derrota com o lança chamas depois de um soco. Para a última batalha, fica Quagsire contra Pikachu. Pikachu tenta dar um choque nele mas ele é imune a ataques elétricos. Ele então atinge Pikachu com a arma d'água, mas Pikachu se recupera e pulando de um galho da uma cabeçada no Quagsire derrotando Quagsire e deixando Pikachu tonto, sendo Ash o vencedor.

Ash, Misty, Brock, Rin, e seus Pokémons estão todos livres comendo o almoço. Ash pergunta se existe um Centro Pokémon por perto, e Rin diz que existe um nos campos verdejantes. Misty se lembra que os campos verdejantes é o lugar número um para as garotas irem, porque lá existem muitas flores. É claro que Brock já quer ir, imaginando todas as garotas. Depois de tudo eles vão para os campos verdejantes mas ele está todo coberto de cristal. Por perto a Equipe Rocket está olhando para onde Ash está, mas eles não tem certeza se devem seguir Ash. O cristal parece estar se espalhando, indo cada vez mais longe da torre.

A mãe de Ash está vendo a região pela TV e então ela corre para a casa do Professor Carvalho e lá pergunta se eles assistiram o noticiário. Eles também viram, e então decidem ir aos campos verdejantes. Carvalho e a mãe de Ash logo encontram Ash e os outros, Ash abraça sua mãe porque ele não a vê por muito tempo. Molly então vê a cena na TV e deseja que ela também tivesse uma mãe. Entei então sai em disparada da torre, indo para o Centro Pokémon onde Ash e os outros estão, e ele avança sobre a mãe de Ash. Entei então a hipnotiza fazendo ela pensar que ela é a mãe de Molly. Pikachu então gruda em Entei, mas ele acaba se escapando. Entei então de volta para casa, encontra Molly que agora acha que a mãe de Ash é a sua mãe, já que ela não vê a sua mãe faz muito tempo.


Ash e os outros ficam observando Carvalho enquanto ele descobre algo sobre Entei. Ele descobre que o poder do Unown é ler a alma de uma pessoa, descobrir o que ela mais quer, e tornar isso real, então o Unown fez com que Entei aparecesse, já que o Entei nunca tinha sido visto antes. Uma outra treinadora Pokémon está vendo o noticiário, a treinadora que treina Charizard. O Charizard de Ash vê a notícia pela janela, e decide ajudar Ash a trazer sua mãe de volta. Ele começa a voar sobre os campos verdejantes. 


Uma escavadeira tenta furar o cristal que está cercando a região onde Molly está, mas ela fica braba porque alguém está tentando tirar ela de lá. Os Unowns então começam a fazer mais cristais, destruindo assim a escavadeira, fazendo que a pessoa que estava dentro quase fosse morta.


Ash e companhia recebem um e-mail, que é logo aberto. É da Molly, dizendo para eles ficarem longe, e que não devem interferir com a sua família. Claro que Ash decide salvar sua mãe, com Pikachu. Quando eles chegam no castelo, Brock e Misty aparecem dizendo que iriam também. Então um Aipom aparece para eles, e Ash pega dele uma peça da PokéAgenda (PokéGear), que é um comunicador. Rin então aparece, e deseja a Ash uma salvamento bem sucedido.


Ash, Misty, e Brock estão andando num túnel feito de cristal, andando através da água, a única parte que não é cristal no túnel. Jessie e James estão olhando eles passando o túnel com o balão deles, e decidem roubar seus Pokémons no caminho. Entei então avista o balão,  e pula do topo do túnel, usando seu ataque para criar uma enorme esfera que destrói o balão. O balão bate num cristal, e Jessie e James descobrem que eles então presos num grande pedaço de cristal, que fez a torre, e a queda é mais de 30 metros.


Quando Ash e companhia chegam ao final do túnel eles chamam Bulbasaur e Chikorita, que os ajuda no caminho acima deles. Os repórteres estão em todo lado, e um deles encontra Ash e começa a entrevista-lo. Molly vê o que está acontecendo pela TV, assim como a mãe de Ash, que num estalo sai do transe e se percebe que Ash é a sua verdadeira criança. Ash e os outros chegam ao pátio do prédio, e vêem a entrada para a casa. Por azar, a entrada está coberta de cristal. Ash chama o seu Cyndaquil, e diz para ele atirar na porta, mas o cristal cresce novamente. Ele diz para ele tentar novamente, e antes Misty tira seus Pokémons de água. E com os Pokémons eles conseguem manter uma passagem aberta. O pessoal começa a passar deixando por último Ash e o Pokémon de água que estava mantendo a passagem aberta. Então Ash agarra o Pokémon e pula na abertura.



Eles correm até o primeiro lance de escadas, e entram numa área muito estranha. Molly está vendo seu Entei. Ele pergunta a ela se ela quer se livrar deles, mas ela diz que quer ter uma batalha Pokémon. Por azar ela não tem nenhum Pokémon. Entei diz para ela não se preocupar, e deixa ela na sala, e voa para longe. Uma Molly adulta parece, mais ou menos da idade de Brock (de 16 a 18 anos), pelas costas dele. Eles então vão até um campo florido, na mesma hora que Ash e os outros. Brock pergunta se ela é Molly, e ela responde que sim. Ash e Misty olham impressionados, mas Brock lembra que qualquer coisa pode acontecer. Brock decide ir numa batalha com ela, enquanto os dois avançam no caminho. Brock chama Zubat, e Molly com uma pokebola de cristal a joga, e nela sai um Flaaffy. Zubat acaba perdendo a luta com um choque de Flaaffy. Brock então chama Vulpix, então Molly chama o Teddiursa de outra Pokébola de cristal. E Teddiursa logo derrota Vulpix. De fundo, a Equipe Rocket tentam ir até a batalha. Brock chama então Onix, então Molly chama o Phanpy. Enquanto isso Ash está subindo as escadas, e a mãe de Ash encontra o livro que o pai de Molly lia para ela. Ela pergunta para Molly se ela costumava ler o livro, e ela diz que costumava mas que a mãe do Ash poderia ficar com ele, já que agora ela está feliz com uma mãe e um pai. 



Ash então chega ao topo da escadaria, que é um campo florido, com uma praia ao lado. A Molly adulta aparece, em cima do Entei. Ela diz que quer um desafio melhor, enquanto isso, Misty a desafia para uma batalha. Ela então explica para ela que é uma líder de ginásio, e Molly fica surpresa, porque ela achava que tinha que ser mais velho para ser um líder de ginásio. Misty então diz que o que conta é a habilidade, não a idade, então a Molly criança aparece. Misty diz que todos os seus Pokémons que ela vai usar vão ser de água,  então Molly diz que irá fazer o mesmo. Molly então levanta suas mãos no ar e um oceano aparecer, e afunda eles. Ash tenta correr mais e mais, mas a água continua subindo. Então a água acaba atingindo ele, e ele pensa estar tudo acabado, mas quando ele respira, ele respira ar. Ele se lembra do que Brock falou sobre que tudo poderia acontecer. 



Ele começa a subir a escadas correndo novamente. Enquanto isso, Molly chama Kindra, e Misty o seu Goldeen. Para variar, Goldeen perde muito rapidamente. A Equipe Rocket também está por lá, e começam a nadar. Misty chama Staryou, e Molly um Mantine. A batalha fica bem disputada, e Molly aproveita a sua batalha, dizendo como é interessante. Enquanto isso Ash chega ao último lance de escadas, ele vai até a sua mãe, que está com Molly, dormindo em seu colo. A mãe de Ash fala que o Entei saiu a pouco, e Ash explica toda história para ela. A mãe de Ash acorda Molly, e diz a ela que Ash é o seu filho, não ela. Molly não quer que sua mãe vá embora novamente, e ela então começa a chorar. Cristais então começam a explodir em volta dela. Entei nota o que está acontecendo, e volta para Molly. Ash então fala que a a mãe dele, não de Molly, então chama Totodile para lutar contra Entei.



Totodile começa a luta, mas logo perde. Depois vem Cyndaquil que depois de um confronto de poderes também acaba sendo derrotado. Ash depois diz que ele é uma lenda, não o pai de Molly, fazendo assim Molly chorar e os cristais irem para todo lado. Entei diz a ele que ele é o pai, e então Pikachu leva um raio do Entei depois de dar um ataque elétrico nele. Logo depois a Equipe Rocket aparece,  gratos por estarem seguros, mas então o raio atinge, eles começam a tirar essa idéia da cabeça.



Entei ataca Pikachu novamente, mas Ash fica no caminho, e tira Pikachu de perto. Por azar, o raio atinge uma parede próxima, e a parede em que Ash e Pikachu estão começa a desmoronar. Por sorte, um Charizard salva Ash antes que os pedaços atingissem eles. Ash reconhece o comportamento do Charizard e percebe que aquele Charizard é o seu Charizard. A batalha fica agora entre Charizard e Entei, mas Charizard acaba ficando sobre o pé de Entei, e ele fica pronto para destruir Charizard.



Um pouco antes, Molly implora para que sei pai não machuque Charizard. Misty e Brock pedem que Molly vá com a mãe de Ash, dizendo que ela é muito boa em batalhas Pokémon. Então a mãe de Ash e Molly se abraçam. Molly chora de alegria, e os cristais desaparecem. Entei começa a desaparecer, dizendo se ela está feliz assim, ele também está. Eles tentam ir embora, mas os Unowns percebem o que está acontecendo e não querem que Molly vá embora, então ele começam a fazer mais cristais em volta. Entei atira neles, e eles começam a descer correndo pela escadas abaixo. Enquanto isso, os cristais começam a perder controle, e começa a  envolver o Centro Pokémon.


Ash e os outros encontram todos os Unowns bloqueando o caminho para fora, Ash tenta passar sobre eles, mas uma parede invisível faz ele cair para trás. Charizard tenta fazer a mesma coisa, e o resultado é o mesmo. Charizard então tenta atacar, mas o ataque não tem nenhum efeito. Pikachu então usa seu choque que faz um buraco, mas ele é logo absorvido. Os Unowns agora começam a ficar zangados, e fazem cristais por todo lado, quase espetando Ash e os outros. 



Entei vem da parede e decide ajudar Ash e os outros. Ele destrói alguns dos cristais, e diz a eles que ele estava feliz por ser o pai de Molly, mas mas ele ele está mais feliz ajudando ela. Entei usa seu raio contra os Unowns, mas nada acontece. Ele começa então a concentrar forças e Charizard e Pikachu ajudam. Molly diz para seu pai continuar tentando, e com isso faz com que a parede seja quebrada. Entei desaparece e volta para os sonhos de Molly novamente. Alguns dos Unowns voltam a forma de peças, e todos vão para um portal. Os cristais começam a desaparecer, e o lindo campo verdejante agora é visível. Eles todos vão embora, e Molly vê uma nuvem que parece um Entei, e sorri.



Muitos policiais aparecem, assim como a Equipe Rocket descobre que eles estão presos na casa. O pai de molly também retorna das peças, e começa a voltar para casa. Com os créditos, o pai de Molly volta junto com sua mãe. Também mostra Molly abraçando os dois com sua felicidade.